In 1999 werd VLEEMO NV opgericht door de aandeelhouders van Polders Investeringsfonds NV (PIF NV) als één van de eerste Vlaamse bedrijven in de windenergie. Het bedrijf bundelde de expertise uit de pioniersjaren van de hernieuwbare energie en investeerde eind jaren ’90 in de eerste windenergieprojecten.

In juni 2003 selecteerde het Gemeentelijk Havenbedrijf Antwerpen VLEEMO NV als partner voor de ontwikkeling en exploitatie van een windturbinepark op de rechteroever van de Haven van Antwerpen. Geen jaar later, op 6 mei 2004, startte men aan de Zandvlietsluis met de fundering van de eerste turbine in de Antwerpse haven. In september 2004 nam men de eerste windturbines in de Antwerpse haven effectief in gebruik. Deze windturbines bleken bij ingebruikname de hoogste windmolens met het meeste vermogen in de Benelux. Bovendien beschikten deze twee windturbines over speciaal ontwikkelde wieken die een substantiële meerproductie realiseerden.

Het bedrijf zette door en in augustus 2007 startte de bouw van vier bijkomende windturbines aan de Zandvlietsluis. Twee jaar later werd ook een 3 MW turbine in gebruik genomen op het Sluizencomplex aan de Kruisschans.

In 2010 namen Aspiravi NV en Electrawinds NV de participatie van Nuon over in VLEEMO NV. De overige 50% van de aandelen bleef in handen van Polders Investeringsfonds NV. Aspiravi NV, Electrawinds NV en PIF NV realiseerden samen reeds meer dan de helft van de Vlaamse windturbines. Daardoor beschikken deze partners over een enorme expertise en hebben zij al de nodige know how in huis om windturbineprojecten succesvol te realiseren. De partners van VLEEMO NV zijn bovendien gespecialiseerd in de ontwikkeling van windturbineprojecten in havengebieden.

In maart 2013 nam Aspiravi NV de aandelen van Electrawinds NV over.

In 2014 bouwde VLEEMO vijf nieuwe windturbines: twee op de site Hooge Maey en drie aan het Churchilldok Noord. Deze werden eind 2014 operationeel, wat de teller op dat moment op twaalf windturbines bracht.

Begin 2016 startte VLEEMO met de bouw van nog eens 18 windturbines. Dit deed men in twee fasen. In de eerste fase werden tien turbines opgetrokken: drie aan het Delwaidedok Zuid, twee aan het Churchilldok Noord en vijf aan het 6de Havendok. Deze werden begin 2017 operationeel. In de tweede fase, waarvan de bouw begin 2017 aanving, werden acht turbines gebouwd op het Haveneiland. In het najaar van 2017 werden deze operationeel, wat de teller voor VLEEMO toen op dertig turbines bracht.

In 2018 werden er opnieuw drie windturbines gebouwd, twee daarvan staan op de Luithagen en één op het Haveneiland.

Aan het Albertdok werden vier extra windturbines gebouwd.

De Vestas V90 turbine bij de Kruisschans werd vervangen door een E-126 model van ENERCON.